Якутск расположен на левом берегу реки Лены. Действует речной порт. Бо́льшая часть грузопотока в отсутствии железнодорожного транспорта проходит именно через речной порт. Кроме того, речной пассажирский транспорт связывает город с населенными пунктами Якутии в бассейне Лены: Олёкминском, Хандыгой, Сангарами, Жиганском.